Michael ScofieldEl protagonista principal de la serie, dispara intencionalmente un arma dentro de un banco para ser encarcelado y cumplir la condena en la misma prisión donde está su hermano, con el objetivo de infiltrarse y sacar a su hermano de la cárcel antes de que sea ejecutado por un crimen que no cometió. Al final de la temporada 4 supuestamente "muere", pero en la temporada 5 se revela que está vivo y que está preso en una prisión en Yemen bajo el pseudónimo de Kaniel Outis.
Licoln Burrows
El segundo protagonista principal, es acusado falsamente de ser el autor del asesinato de Terrence Steadman, fue sentenciado a la pena de muerte. Pero escapó de prisión, evadió a las autoridades y ha sido exonerado del cargo que se le atribuía. Saca a Michael de Sona
John Abruzzi
Jefe de los grupos de mafia de Chicago, en prisión fue jefe del IP. Cumplía una sentencia de por vida, pero escapó de Fox River y finalmente asesinado por órdenes de Mahone. -Estado: Fallecido -Causa de la muerte: Los hombres de Alexander Mahone lo revientan a balazos en un motel, bajo las órdenes de la compañía, debido a que era cómplice de los hermanos
T-Bag
Sentenciado de por vida a prisión por el secuestro, violación y asesinato de seis niños, escapa de la cárcel, se reúne con su "familia", los secuestra, pero al final los libera y termina preso nuevamente en Panamá por el asesinato de una prostituta. Finalmente regresa a Fox River
Sara TancredFue la doctora de la Prisión de Fox River, después se involucró en el plan de revelar la conspiración detrás de Burrows. Asesina a Bill Kim, uno de los agentes de la Compañía, pero Michael asume la culpa del crimen. En la tercera temporada aparentemente fue asesinada por la Compañía y su cabeza le fue entregada a Lincoln en una caja. Esto es lo que todos creen ya que estaba siendo torturada por Gretchen, logra vivir para unirse al plan de tener Scylla junto a los demás reos y así hundir a la Compañía.
